繰り返しを中断する場合は、
break;
を使います。

break文を用います。
while文を利用してbreak文を使用します。先ほどのdo-while文では入力した値が100以上になったらループを終了しました。
これに、さらに値が25だったら、その時もループをやめてしまうという条件を加えましょう、。

var input_data = 0;
do{
    input_data = parseInt(prompt("数値を入力してください(100以上を入力すると終了)"));
    if(input_data == 25){
        break;
    }
    document.write("入力されたデータは" + input_data+"です<br>");
} while(input_data < 100);
document.write("処理を終了しました<br>");

この場合、25だったときは、break処理を行うことになりますので、その後の処理は行わず（入力されたデータは・・・の表示を行わず）、ループを抜けて「処理を終了しました」を表示する処理にうつります。